<房地产买卖居间协议>与<上海市房地产买卖合同>哪个为准?

居间协议:此次交易的税费及中介公司佣金由乙方承担.
正式合同:乙方确认:本合同所列之房价款不包含乙方应付契税,交易手续费,产权登记费,合同印花税,权证印花税,配图费,贷款保险费,抵押登记费,居间服务费等费用.
这两个说法究竟哪个为准.如果正式合同为准那么乙方就不应承担营业税和所得税.如果居间协议为准那么乙方就应承担营业税和所得税.
据说"法律规定，交易税费有约定的从约定，无约定或约定不清的，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同有关条款或者交易习惯确定，仍然不能明确的，按法律规定各自己承担。"这个说法是否适合目前的房地产交易,国家税务部门是否认可这个做法.
恳请律师给予明确解释.谢谢