只重判从犯，而主犯没有被立案侦查，这样合法吗

2011-2012年，我注册了一家农机销售公司，代理销售寿光市金鹏公司的大棚保温被，该产品享受国家农机补贴。因该厂家距离我们当地较远，该产品体积大，重量又轻，致使运费太贵。经与厂家协商，授权我们在附近区县代理贴牌生产，金鹏公司负责办理补贴手续，按照数量收取商标使用费。我们当地的检察院认为这样做是套取国家补贴，因我当时担任本乡镇的农机站长，所以给我定了个贪污罪。按照农机补贴管理的有关规定，生产厂家处于主导地位，应该对这一行为负主要责任，不知为什么检察院只起诉了我们，而应该作为主犯的生产厂家并没有受到追究。所以，我想问一下，检察院这样做合法吗，我是否可以以此为据进行申诉。