个人违规，公司罚款+辞退后产生了工资纠纷

销售工作，薪资组成是底薪+业绩提成。3月入职，五月离职。

本来承诺试用期底薪3200，4月份签订合同时把底薪组成写为基本工资2100+绩效1900，试用期80%也就是3200。个人因违规扣除四月绩效，扣了1900和我4月的销售的提成约2000，因为违规行为（通话时长造假，拨打个人手机了）扣了4000元，到手工资只有一千多，目前只发了一半，730元。这样做合法吗？

另外，合同内写到8小时工作制，但由于工作性质特殊，只有向公司提交书面申请的加班才算加班。有考勤打卡记录，我每天几乎9、10点下班，四月份只休息了2天，请了半天假。无加班费，这样合法吗？
如果不合法，加班费如何计算？是按合同里写的2100的基本工资算的小时工资吗？

最后，社保应该是入职后一个月后开始缴纳，在职的两个月中没有缴纳过，这样合法吗？

公司有非常多的问题，外包小公司。销售中也有许多期满消费者的行为。因为合同里很多霸王条款，不太合理。我先和领导沟通，希望工资正常发放，但违规的扣款我也接受，由于没有对公司名声和客户造成影响，可以接受可以扣五百一千的罚款，但是本应发5000左右，现在只拿到730.（四月一半），领导也说你直接走法律程序就好了，不给协商。

现在可以申请劳动仲裁要补偿、加班费、社保吗？