职工无辜旷工二十余年，单位未及时办理除名手续，现该职工达退休年龄，因未参保社保不予办理，现找单位要求

1995年4月起，某科研院所（事业单位）职工孟某因无辜旷工且无法联系，已不存在事实劳动关系，停发孟某工资待遇，但未做除名处理。1996年，单位根据《劳动法》和上级规定，全面实施全员劳动合同制管理，未与孟某签订劳动合同，1998年，基于孟某已不在单位职工名册之列，天津市相关社保经办机构未接收孟某基本养老保险关系由行业统筹转移至天津地方养老保险系统统筹。2014年，孟某达退休年龄，回单位要求办理退休，在此之前，孟某未曾与单位联络，单位与社保和劳动局协调后，不合要求无法办理退休，孟某要求单位赔偿损失。问是否合理？单位应如何保护自己的权益。