这样定为刑事案件司法机关有没有瑕疵？

对方和我家里人吵架，我和老婆劝架，她骂我和老婆，然后我踢烂他门进去打了他轻微伤，因为他跟我扭打我自卫然后主动退出来，警察以治安案件立案，隔3天录口供，我父亲给他赔门，他不满意自己又换了一个，然后5天后自己去住院20天赖是我打伤的，这个是后来我才知道的，隔了95天警察来找我指认现场才签伤害鉴定，隔了100多天才找我录第二次口供采集指纹，期间没有告知我有调解什么的，隔了104天检察院才通知我要下逮捕，只有一天时间处理，我说愿意赔偿调解，但是地方已经不愿意了，去检察院闹，检察院把我批捕，批捕当天我家里人马上向派出所做取保候审，说要提交到检察院，我家里人几次去公安局他们都说交到检察院了，我家里人又去检察院找又说下面没交，后来是找熟人问才从警察局递交上来，逮捕期间他跟我家里协商，以我被逮捕和工作等原因漫天要价，家里也没办法不给，请问这案件是不是存在问题？