在办理变更工商执照时，是之前一切手续审批完，还是限定60日变更工商执照时入股注资

我们05年并轨，06年1月10日，市产权制度小组批复城管局关于公交公司进行产权制度改革，1月19日城管局批复公交公司产改，3月，召开全体职工大会，号召募股，06年3月末，签订募股合同，1806股，每股5000元，共903万，06年4月进行资产评估，8月国资委批复评估报告，06年12月30日，国资委签订出售协议，零价格出售给其内部职工组建的公司，在60日内办理工商执照变更，在07年1月26日公司28领导人悄悄注资200万在工商执照上签订28个股东，资金也变成200万，原公司总经理103万，占股份的百分之53整个公司几乎全成原总经理，现董事长，私有财产，请问，他们在一切手续审批结束后，注册的公司有效吗？