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中国农业部于1999年12月29日向各省、自治区、直辖市及计划单列市渔业主管厅(局)发出《关于调整渔业产业结构的指导意见》，全文如下：
改革开放以来，我国渔业持续、快速发展，1998年全国水产品总产量达到3907万吨，养殖产品比重已由1978年的29％上升到56％，产业结构得到初步改善，水产品供求关系已经发生了很大变化，为丰富城乡“菜蓝子”，增加农民收入作出了积极的贡献。但是，随着渔业经济的发展和渔业总量的不断增加，渔业产业结构存在的一些问题和矛盾也日益突出。主要表现在：第一，产业结构虽得到了一定的调整，但在资源和市场的开发上仍带有盲目性，近年来主要产区不同程度地出现了区域性、结构性的产品过剩、价格下跌以及养殖病害蔓延等问题，当前渔业效益提高和渔民增收面临较大的难度；第二，国内捕捞渔船增长的势头还没有得到有效的控制，海洋渔业资源保护的难度很大。同时，由于新的国际海洋制度的建立，我国传统渔场的捕捞业将受到较大影响，大量渔船和渔民将面临转产转业的严峻形势。远洋渔业虽有较快的发展，但单一捕捞的状况尚未有根本性的改观，以开发公海渔业资源为主的大洋性渔业比重还很小。第三，面对国际国内两个市场不断变化的消费需求，我国渔业越来越显露出产品品质标准和质量偏低，精深加工水平不高的弱点，特别是对国际市场开发的力度不足；第四，与渔业快速发展相比较，整个产业的支撑体系还较为脆弱，科技含量不高，发展后劲不足。这些问题如不能得到效的解决，将不利于我国渔业持续、健康发展。在当前渔业发展的重要转折时期，要切实贯彻落实《国务院办公厅转发农业部关于当前调整农业产业结构若干意见的通知》(国办发[1999]68号)精神，按照渔业发展的客观规律和市场需求，引导广大群众因地制宜地调整优化渔业产业结构。为此，提出以下意见：
一、调整渔业产业结构的指导思想和原则
当前调整渔业产业结构的指导思想是，在养护和合理开发利用渔业资源的前提下，以市场为导向，以提高效益和增加农民收入为目的，依靠科技进步，加强法制建设，逐步改善渔业基础设施和条件，提高水产品质量，促进渔业产业素质的提高和结构的不断优化。
调整渔业产业结构必须遵循自然规律和经济规律。要因地制宜，统筹规划，合理布局，切忌一哄而起和搞活经济形式主义，应当坚持以下原则：第一，坚持合理开发利用渔业资源。要以调整结构为契机，加强渔业执法，进一步保护渔业资源和水域生态环境，有效改变过去片面追求资源开发、以外延扩张为主的经济增长模式，促进渔业的可持续发展。第二，坚持以市场为导向。要加强市场信息服务体系建设，研究分析市场走向和发展潜力，为广大渔业生产者提供信息服务和价格指导，以适应市场多样化、优质化及健康安全的消费需求。第三，坚持因地制宜，发挥区域优势。各地要发挥当地资源、市场、技术等方面的比较优势，发展各具特色的渔业生产。第四，坚持依靠科技进步。要以科技为先导，通过品种改良，推广先进实用技术和高新技术，普及健康养殖模式，有效预防和控制病害，提高渔业技术装备水平，推进渔业经济增长方式的根本性转变。第五，要坚持尊重渔农民的意愿和生产经营自主权。在市场经济的条件下，广大渔业生产者是产业结构调整的主体，各级渔业主管部门要将工作重点放在制定切实可行的调整产业结构规划上，加强信息引导和示范指导，通过调整产业政策适时进行宏观调控，而不是通过行政命令要求渔业生产者如何进行结构调整。
二、调整渔业产业结构的方向与重点
(一)调整海洋生产结构，减少捕捞量
长期困扰我国海洋捕捞业的主要矛盾是捕捞能力大大超过资源的再生能力，造成近海渔业资源的严重衰退。我国与周边有关国家签署的渔业协定生效后，我国将有一部分渔船被迫退出传统的作业区域，矛盾将更为突出。因此，调整海洋渔业结构，除了要继续积极稳妥地发展海水养殖外，一个很重要的方面就是要严格控制海洋捕捞强度，压缩捕捞作业规模，减少捕捞量。为了实现这一目标，要把压缩海洋捕捞强度作为一项长期的基本政策。围绕这一政策，要坚定执行和不断完善已实施的各项制度措施。如：进一步加强和完善伏季休渔制度；严格控制新增海洋捕捞渔船，除远洋渔业专用作业渔船外，一律停止审批新建捕捞渔船，对“三无”渔船进行全面清理，并坚决杜绝新增“三无”渔船，禁止以任何形式引进渔船在我国专属经济区从事捕捞作业；逐步建立超年限渔船强制报废制度；要区别渔区、半渔半农区和农区，实行分类指导，严格控制非专业渔业劳动力从事海洋捕捞作业；要依法完善渔业许可证制度，严格执行有关海洋捕捞作业的各项法规。
远洋渔业要在稳定过洋性捕捞的同时，加快发展大洋性渔业，提升我远洋渔船在公海生产的比重，并抓好由拖网作业为主向拖、钓、围等多种作业方式协调发展的转变。同时加快远洋渔业产业化体系建设，改变目前单一捕捞生产的结构，形成产供销结合、前后方配套的完整产业链。今后远洋渔业要注重综合配套体系的建设，完善远洋渔业的整体功能，提高远洋渔业的综合经济效益和发展水平。
(二)调整水产养殖结构，保持养殖业的健康发展
目前，制约水产养殖业健康发展和影响其效益的主要因素一是良种覆盖率低，优质品种养殖比例不高。从养殖对象来讲，海水养殖中鱼类、虾蟹类的产量较低，贝藻类产量较高；淡水养殖中鱼类产量较高，虾蟹等优质品种产量较低；二是部分地区传统大宗水产品供大于求，造成积压，价格下跌，而同时拓展适合国内国际市场需求品种的养殖生产力度还不够；三是现代化养殖技术应用较少，部分地区养殖方式落后，投入产出比较低，影响了经济效益的提高；四是养殖水域污染严重、病害蔓延，既影响了产品质量，又增加了生产成本。因此，调整水产养殖结构，应着重从解决上述问题入手，不要片面强调开发宜渔水面资源，过分依靠外延扩大再生产来提高产量，而应更加注重挖掘内涵潜力。要掌握市场动向，依靠科技进步，实现经济效益与生态效益的全面提高。
海水养殖主要是要进一步优化养殖结构，改进养殖方式，提高技术水平。有条件的地方，可适度发展技术。资金密集型的工厂化养殖，发挥其占地少，无污染，节约资源，机械化和自动化程度高，养殖周期短，产量高，效益好等特点。要从改善生态环境和养殖基础条件入手，运用工程的、技术的和科学管理的综合措施，保持水域大环境的稳定和小环境的优良，最终实现减少病害的发生，达到稳产、高产和优质、高效的目的。淡水养殖要结合各地资源、市场状况和经济、技术水平，在稳定大宗产品，保障供应的同时，优化品种结构，增加名特优新产品比重，积极发展适合加工出口的品种，推进产业化经营，着力提高产品品质和经济效益。经济不发达的地区要将渔业发展作为调整农业产业结构，增加农民收入引导农民脱贫致富的重要途径，积极发展稻田养鱼和各种形式的生态渔业等。
当前调整水产养殖结构，要特别注意良种问题。要利用现代生物技术，做好新品种的培育和提纯复壮；要有针对性地从国外引进一些优良品种；同时要注意抓好优良品种的市场调查、病害防治、技术推广等服务工作；开发具有龙头作用、产业化程度较高的名特优新品种，加快产业化进程。此外，各地还可根据当地区域优势，因地制宜发展特色水产养殖业。
(三)调整水产加工业结构，努力提高水产品的附加值
主要应从提高水产品加工技术和提高水产品加工质量，创立名牌产品，培植外向型龙头企业入手进行调整。
首先，要以大宗产品的保鲜和低值产品的精加工、深加工和综合利用为重点，采用先进加工保鲜技术和加工方式，适应各层次消费者需求，以提高水产品质量和附加值，进一步开拓消费市场。其次，大力推进水产品质量认证工作，督促引导水产加工企业采用以危害分析与关键控制点(HACCP)为核心的科学质量管理规范，加强生产全过程的质量管理，提高加工品的质量卫生水平。抓好贝类产品加工及净化工作，在贝类主产区建设贝类净化和质检中心，为开拓国际水产品市场创造条件。
(四)大力促进与渔业发展相适应的第三产业
随着渔业生产的快速发展，与之相关的社会化服务体系建设则相对滞后。因此，各地在调整渔业产业结构的过程中应大力促进适应渔业生产需要的第三产业的发展，包括水产品市场信息体系建设，渔业技术培训、推广及服务体系建设，以促进水产品市场良好发育，不断提高劳动者素质。在有条件的地方应积极鼓励。引导发展休闲渔业。
三、应采取的主要措施
抓好渔业产业结构调整，关键要制定并落实具体的政策措施。当前各级渔业主管部门必须重点，抓好以下几项工作：
(一)搞好规划，加强对渔业产业结构调整的宏观指导。要结合渔业发展“十五”规划和2015年远景目标规划编制的前期调研工作，组织力量编制调整渔业产业结构规划，从实际出发，提出调整的目标、任务和需采取的重大战略措施。
(二)加强水产科技与质量标准体系建设。开展科技规划的研究工作，找出影响今后渔业产业发展的关键科技问题，做好研究规划，做到储备一批、推广一批、开发一批。抓紧制定渔业生产和管理中急需的标准，重点是种质、饲料、鱼药和水产品质量方面的标准，积极推进我国的水产标准与国际接轨。同时加大标准宣贯与实施力度，将标准宣贯工作与质量监督和技术推广工作紧密结合起来。
(三)抓紧制定和完善水产品市场管理法规，规范水产品市场体系的运行，建立健全水产品市场信息网络体系，收集并发布水产品生产、价格、供求等各类信息，更好地为渔业产业结构调整服务。
(四)加快水产原良种和病害防治体系建设。针对当前制约养殖发展的“瓶颈”问题，要继续保持一定的投资规模，进一步提高原良种生产水平和质量，形成完整科学的种苗繁育体系，提高良种覆盖率。要加快建立高效运转、快速反应的水产养殖病害综合防治体系，推广、普及病害防治技术。
(五)要继续做好渔业法规的制定、修改和完善工作，在此基础上，建立健全与世界新海洋制度相适应的渔业法律体系。当前要抓紧制定有关外国人入渔和我国渔民到周边国家入渔的具体管理规定，规范相关专属经济区内各种作业活动。要提高渔业执法的装备和管理水平，建设一支统一、高效、廉洁的渔业综合执法队伍，为保护渔业资源和生态环境，实现渔业产业结构调整目标提供法律保障。各级渔业主管部门要在当地政府统一领导下，根据新形势，制定新措施，强化管理，严格控制非渔业劳动力下海从事海洋捕捞业，切实控制捕捞强度，配合做好渔民转产转业的安置协调工作。
(六)拓展资金渠道，加大对渔业科研、教育、渔政执法和群众渔港等基础设施的建设力度。要创造良好的投资环境，根据我国的产业政策，在继续积极争取国家投入的同时，要广泛吸引国内商业信贷、民间和国外资本等资金参与，形成多元化的渔业投资格局。选择建设科技含量高、经济效益好、具有龙头和示范作用的远洋渔业、高新技术养殖以及精、深水产品加工项目，增强渔业竞争实力，加快推进渔业的产业化进程。
