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第一条 为加强农业专项资金的审计监督工作，提高资金使用效益，促进农业和农村经济发展，根据《中华人民共和国审计法》和《审计署关于内部审计工作的规定》，结合农业系统实际，特制定本实施办法。
关联法规：
第二条 农业专项资金审计(含审计调查，下同)是农业系统各主管部门审计机构和审计人员适应行业管理的需要，根据国家的有关法规，统一组织对本行业、本系统的专项资金或特定项目的财务收支及其经济活动的真实性、合法性、合理性、效益性进行监督、评价和鉴证，以促进加强宏观管理，为部门领导决策服务。
农业专项资金审计主要对农业系统(包括农业、畜牧、农垦、水产、农机、乡镇企业，下同)主管部门和有关单位管理使用的国家安排用于农业和农村经济建设的专项拨款，科研、教育、推广等各种专项资金和利用外资等进行监督。
第三条 农业系统专项资金审计实行分级组织实施的办法。国家安排由农业部管理的专项资金，由农业部统一部署，审计署驻农业部审计局负责组织实施；国家安排由省级农业主管部门管理的专项资金，由省级农业主管部门统一部署，审计机构具体组织实施；由地方政府财政计委等部门安排的专项资金，由地方政府农业主管部门统一部署，省、地(市)、县农业主管部门审计机构分别组织实施。
审计署驻农业部审计局负责组织、指导和监督农业部所属系统专项资金审计工作。各省(区、市)及计划单列市级农业主管部门的审计机构负责组织指导本系统、本行业专项资金审计工作。
第四条 农业专项资金审计具有政府审计、内部审计双重职能。省(区、市)各农业主管部门要根据农业部下达的审计任务，组织实施审计监督工作，同时可根据各部门的行业管理要求，安排农业专项资金审计工作。
第五条 农业专项资金审计坚持突出重点和加大监督力度的原则，对资金数额大、使用涉及面宽的专项资金要列为监督重点，进行经常性审计；对领导与群众关注、关系全行业发展的专项资金，要进行重点审计；对投资较多、工程规模较大、期限较长的重点建设项目资金，要加强监督和进行后续(跟踪)审计。
第六条 农业主管部门对农业专项资金审计要加强领导、督促和检查工作，有关部门和单位要协同配合，人员组合符合审计工作需要。
第七条 农业专项资金审计的主要内容。
(一)国家计划内投资、中央财政预算安排(包括主管部门)下拨的专项资金、地方财政配套资金是否按国家规定及时足额拨付到位。
(二)项目资金投向是否合理，资金使用是否合规合法、专款专用，有无挤占、挪用、截留、转移、损失浪费等问题。
(三)建设项目计划(协议)执行与完成情况，有无擅自变更项目计划，有无超计划、超标准、超面积、超预算、随意搞计划外工程等问题。
(四)专项资金使用单位财务管理和内控制度是否健全有效，会计核算是否规范，各项报表是否齐全、合规、真实、准确。
(五)农业专项资金使用的经济效益、社会效益、生态效益情况。
第八条 农业专项资金审计要统一审计项目、统一审计内容、统一审计方法、统一审计指标。审计方式一般为就地审计。
第九条 农业专项资金审计的主要程序。
(一)全国农业系统的农业专项资金审计由审计署驻农业部审计局列入年度审计项目计划，经审计署批准，农业部下达审计任务。地方农业主管部门根据农业部和上级主管部门下达的任务，拟定本部门专项资金审计工作计划，制定工作方案，发出审计通知书，培训审计人员，派出审计组，实施审计监督工作。
(二)听取被审单位专项资金管理使用情况汇报，审查账目、凭证、报表、实物，进行实地察看及进行必要的审计调查取证。
(三)被审单位要积极配合，提供所需的账目、文件、资料，接受查询和提供必要的工作条件。
(四)评价资金使用效益，对审计中发现的问题提出处理意见和改进建议。
(五)审计终结出具审计报告。审计报告内容应当真实、客观、公正，全面反映专项资金到位情况、项目建设情况、资金使用效果和审计处理意见等，不得隐瞒或虚报。审计报告须征求被审单位意见。
农业部组织实施的专项资金审计，审计署驻农业部审计局根据需要进行抽审，在审计项目完成后根据各省、区、市农业主管部门上报的审计报告写出综合审计报告，报农业部领导审定后印发各省有关农业主管部门，并抄送国务院有关部门和省、区、市人民政府。地方农业主管部门组织实施的专项资金审计，由主管部门领导审批后下达审计意见书或审计决定，抄报本级人民政府、上级农业主管部门和同级审计机关。
(六)被审单位必须执行经批准的审计意见书和审计决定。对审计意见书或审计决定如有异议，可在10日内将其书面意见送交负责专项资金审计的主管部门，主管部门领导应及时进行处理，在规定时间内作出是否复审的决定。
(七)审计机构要对审计查出问题较多的单位，在下达审计意见书或审计决定后对其实施后续(跟踪)审计，检查采纳审计意见和执行审计决定的情况，并将结果报本级人民政府、主管部门和审计机关。
(八)农业专项资金审计结束，对办理的审计事项及时建立审计档案，按照规定进行管理。
第十条 农业专项资金审计的依据。
(一)国家的法律、法规、政策。
(二)农业部、地方人民政府和主管部门在法定权限范围内制定的各项规章制度。
(三)上级主管部门和国家投资部门下达的投资计划，建设单位与上级主管部门和国家投资部门签订的协议(合同)，经批准的建设项目设计任务书等有关文件、资料。
第十一条 农业系统审计机构和审计人员在农业专项资金审计中的主要职权。
(一)了解建设项目研究、论证、立项等有关情况和参加有关会议。
(二)要求有关部门提供有关文件资料及工作条件，积极给予配合。
(三)检查会计凭证、账册、报表等核算资料和资产，被审单位不得拒绝。
(四)就审计中的有关事项进行调查并索取证明材料。
(五)对审计中发现的违反财经法纪问题，依照审计署、国家计委等六部委制定的《建设项目审计处理暂行规定》(审投发(1996)105号)和有关政策法规提出处理意见和建议。
(六)对配套资金不到位的，督促其限期到位；对挤占挪用的资金责成有关各部门和单位限期归还原资金渠道；对应当上缴的罚没款项，监督其及时上缴。
(七)对配套资金限期内不到位的，挤占挪用专项资金限期不归还原资金渠道的，可建议有关部门停拨款项或不予安排巩固提高项目和新建项目。
(八)对严重违反财经法规、严重损失浪费的直接责任人员，向有关部门领导提出处理建议，并按有关规定向上级审计机关反映。
(九)向建设项目单位所在人民政府或上级主管部门如实报告审计情况。
第十二条 审计人员办理审计事项要严格执行审计工作制度和审计人员守则，遵守职业道德。
第十三条 凡是国家安排有农业专项资金的省(区、市)及计划单列市级农业主管部门，应当建立健全审计制度，加强对专项资金的审计监督工作。国家安排农业专项资金数额大的市、县农业部门，应当建立内部审计制度，加强对专项资金的审计监督工作。
第十四条 农业专项资金建设工程项目必须经审计后进行验收。凡列入审计项目计划而未经审计，或审计不合要求的，主管部门有权不再受理申报新的投资项目。
第十五条 农业专项资金审计所需经费，按照《中华人民共和国审计法》规定，由各级政府主管部门给以保证。
关联法规：
第十六条 各省(区、市)农业部门可根据本实施办法，结合各地区实际，制定实施细则。
第十七条 本办法由中华人民共和国农业部负责解释。
第十八条 本办法自发布之日起执行。农业部(1990)农(审)字4号《农业系统行业审计实施办法》同时废止。
