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第1条 本办法依促进产业升级条例(以下简称本条例)第八条第三项规定订定之。
第2条 适用本办法奖励之投资计画，其生产之产品范围为：
一、应用无菌播种、组织或细胞培养、体细胞融合、基因工程等生物技术，培育、繁殖生产之植物种苗。
二、应用遗传工程技术，选育、繁殖生产之种畜禽或畜禽种源。
三、应用遗传工程技术，选育、繁殖生产之水产种原或种苗。
四、应用无特定病原技术，繁殖生产之动物。
五、其它经行政院指定之产品。
前项投资计画，应符合下列要件之一：
一、投资计画之实收资本额或增加实收资本额为五千万元以上，其中属全新机器、设备及装置该机器设备之新建主体建物购置金额合计新台币三千万元以上。
二、公司于投资计画完成年度及其前、后一年度之三年期间内，研究与发展支出达新台币一千五百万元。
投资计画应于符合新兴重要策略性产业核准函核发之次日起三年内完成。
第一项第五款所列其它经行政院指定之产品，由行政院农业委员会(以下简称农委会)报请行政院召集相关产业界、政府机关、学术界及研究机构代表定之。
第二项第一款所称装置该机器设备之新建主体建物，指生物技术研究室、作业室、培养室、温室、畜禽舍、无特定病源动物舍、水产种原或种苗生产房舍。
第3条 前条第二项第一款规定实收资本额或增加实收资本额，得于核定之投资计画期间内分次增资、分次收足。机器、设备及装置该机器设备之新建主体建物，得于核定之投资计画期间内分次购置。
前条第二项第二款所称研究与发展支出，指税捐稽征机关依公司研究与发展及人才培训支出适用投资抵减办法规定核定之研究与发展支出，及于前条所定三年期间内捐赠行政院国家科学技术发展基金之金额。
前项研究与发展支出，于税捐稽征机关尚未核定时，以申报数为准。
前条第二项第二款所称三年期间，其投资计画完成年度之前一年度未满一年者，自投资计画完成年度起算三年。但申请核发核准函年度与投资计画完成年度为同一年度者，自投资计画完成年度之次年度起算三年。
第4条 公司申请适用新兴重要策略性产业之奖励，新投资创立者应于公司设立核准函或证明书核发之次日起六个月内；增资扩充者应于增资核准函或证明书核发之次日起六个月内，检具下列文件，向农委会申请核发符合新兴重要策略性产业核准函：
一、公司设立核准函或证明书影本；其属增资扩充者，为增资核准函或证明书影本。
二、投资计画生产之产品属第二条第一项第一款者，检附种苗业登记证影本。
三、投资计画生产之产品属第二条第一项第二款者，检附畜禽新品种登记审定书及畜牧场设立许可文件或畜牧场登记证书影本；饲养规模未达应办畜牧场登记者免附。
四、投资计画生产之产品属第二条第一项第四款者，检附畜牧场设立许可文件或畜牧场登记证书影本；饲养动物种类非属畜牧法明定之畜禽或畜禽饲养规模未达应办畜牧场登记者免附。
五、投资计画书七份。
前项所称增资核准函或证明书，于分次增资时，以第一次增资核准函或证明书为准。
第一项第五款所称投资计画书，属适用第二条第二项第二款规定者，需载明公司于投资计画完成年度及其前、后一年度之三年期间内之研究与发展经费。
农委会于核发第一项核准函时，应副知财政部赋税署及公司所在地之税捐稽征机关。
第一项第五款投资计画书格式，由农委会定之。
第5条 经核发符合新兴重要策略性产业核准函之公司，应于核定之期限内完成投资计画，并于完成后检具下列文件，向农委会申请核发完成证明：
一、符合新兴重要策略性产业核准函影本。
二、购置之全新机器、设备及装置该机器设备之新建主体建物清单六份；无购置行为者免附。
三、购置之全新机器、设备及装置该机器设备之新建主体建物配置图；无购置行为者免附。
四、营利事业登记证影本；其属增资扩充者，为资本额变更登记前、后之营利事业登记证影本。
五、新建主体建物使用执照影本；无购置行为者免附。
六、投资计画生产之产品属第二条第一项第一款者，检附种苗业登记证影本。
七、投资计画生产之产品属第二条第一项第二款者，检附畜牧场登记证书影本；饲养规模未达应办畜牧场登记者免附。
八、投资计画生产之产品属第二条第一项第三款者，检附登记为繁殖之养殖渔业登记证影本。
九、投资计画生产之产品属第二条第一项第四款者，检附畜牧场登记证书影本；饲养动物种类非属畜牧法明定之畜禽或畜禽饲养规模未达应办畜牧场登记者免附。
一○购置机器、设备及装置该机器设备之新建主体建物之统一发票影本、海关进口相关证明文件影本或会计师查核证明文件；无购置行为者免附。
一一募集现金资本之相关证明文件；全数以未分配盈余转增资者免附。
一二议决该投资计画第一次增资之股东会或董事会会议纪录影本；属新投资创立者，为发起人会议纪录影本；无购置行为者免附。
前项完成证明之格式，由农委会定之。
公司申请核发完成证明时，应于完成证明申请书中自行勾选适用第二条第二项第一款或第二款之规定，经择定后不得变更。
农委会于核发第一项之完成证明时，应副知财政部赋税署及公司所在地之税捐稽征机关。
第6条 经核发符合新兴重要策略性产业核准函之公司，未能于农委会核发符合新兴重要策略性产业核准函之次日起三年内完成投资计画，或投资计画产品变更者，应于期限届满前，向农委会申请展延或变更。但全程计画完成期限，不得超过四年。
农委会于核定计画展延或产品变更时，应副知财政部赋税署及公司所在地之税捐稽征机关。
第7条 经核发符合新兴重要策略性产业核准函之公司，于申请完成证明期间内，经受理核发完成证明机关实地勘查，投资计画已属完成，于完成证明尚未核发前，遭受地震、风灾、水灾、旱灾、虫灾、火灾及战祸等不可抗力灾害者，受理核发完成证明机关仍得依据原完成状态，核发其完成证明。
第8条 公司择定适用第二条第二项第二款规定并经取得完成证明，经管辖税捐稽征机关查核，未达该款所定研究与发展支出金额二分之一，其选择适用五年免税者，应追缴所免征之营利事业所得税额；其适用股东投资抵减者，应追缴该公司各股东实际适用投资抵减之税额。
公司择定适用第二条第二项第二款规定并经取得完成证明，经管辖税捐稽征机关查核，未达该款所定研究与发展支出金额，但已达二分之一，其选择适用五年免税者，应按不足之比率，追缴公司所免征之营利事业所得税额；其适用股东投资抵减者，应就各股东实际适用投资抵减之税额，与按实际研究发展支出之比率计算之可抵减税额之差额追缴之。
公司择定适用第二条第二项第二款规定，并经取得完成证明，于取得完成证明后，依本条例第十条第二项规定，将其受免税奖励能独立运作之全套生产或应用软件，转让其它事业，继续生产原受奖励产品，其转让系在第二条规定之三年期间内者，该转让事业于该三年期间内之研究发展支出，依第十一条第二项规定换算；未达该款所定研究与发展支出金额者，应分别依前二项规定，追缴所免征之营利事业所得税额或股东投资抵减税额。
前三项补缴之税额，应自各该年度所得税结算申报期间届满之次日起至缴纳日止，依邮政储金汇业局一年期定期储金固定利率，按日加计利息，一并征收。
第9条 第二条第一项之适用要件有删除或修正时，公司仍得自删除或修正生效之日起六个月内，向农委会申请适用本办法。
第10条 公司依第二条第二项第一款规定取得完成证明，且依本条例第十条第二项规定，将其部分受免税奖励能独立运作之全套生产设备或应用软件，转让其它事业，继续生产该受奖励产品者，受让事业所受让之生产设备或应用软件，依转让事业取得该设备之原始成本计算；未达该款所定投资金额者，不得继续享受转让事业未届满之免税奖励。
前项转让事业于转让后剩余之生产设备或应用软件，依原始取得成本计算；未达第二条第二项第一款规定之投资金额者，应终止其未届满之免税奖励。
第11条 公司依第二条第二项第二款规定取得完成证明，且依本条例第十条第二项规定，将其部分受免税奖励能独立运作之全套生产设备或应用软件转让其他事业，继续生产该受奖励产品者，其转让系在第二条第二项第二款规定之三年期间内者，受让事业于受让后至该期间届满止，其研究与发展支出，按受让设备或应用软件之金额比率及持有期间之比率换算；未达该款所定研究与发展支出金额者，不得继续享受转让事业未届满之免税奖励。
前项转让事业于第二条第二项第二款规定之三年期间内，其属转让前之研究发展支出，加计转让后之研究发展支出按未转让设备或应用软件金额比率核算之金额；未达该款所定研究与发展支出金额者，应终止其未届满之免税奖励。
第12条 选择适用本条例第八条股东投资抵减规定之公司，其依核准之投资计画所募集资金，以支应该投资计画所需者为限。
第13条 选择适用本条例第九条免征营利事业所得税规定之公司，其免税所得之计算方法，由财政部定之。
择定适用第二条第二项第二款，并经取得完成证明之公司，选择适用五年免税者，其适用免税年度之研究与发展支出应占同年度该公司营业收入净额百分之二；未达该款所定研究与发展支出金额者，其免税所得应按前项规定计算之金额，乘以实际研究与发展支出比率占百分之二之比率计算之。
前项之研究与发展支出，应以税捐稽征机关依公司研究与发展及人才培训支出适用投资抵减办法规定核定之金额为准。
依第八条第一项规定，应追缴免征之营利事业所得税款之公司，不适用第二项规定。
第14条 本办法自中华民国九十一年一月一日施行。
