《国家税务总局关于建筑企业所得税征管有关问题的通知》(国税函〔2010〕39号)规定，实行总、分机构体制的跨地区经营建筑企业，应严格执行《国家税务总局〈关于印发跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法〉的通知》(国税发〔2008〕28号)规定，按照“统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库”的办法计算缴纳企业所得税。

　　统一计算，是指建筑企业应统一计算包括各个不具有法人资格营业机构在内的企业的全部应纳税所得额和应纳税额。也就是说，跨省市设立分支机构的企业，应汇集各分支机构的收入、成本、费用等，统一计算应纳税所得额和应纳税额，如果总机构和分支机构适用税率不一致的，应分别计算应纳税所得额和应纳税额，分别按照适用税率纳税。

　　分级管理，是指建筑企业总机构、分支机构，分别由所在地主管税务机关属地进行监督和管理。

　　就地预缴，是指建筑企业总机构和分支机构应分别在当地按月或按季度预缴税款，具体方法是：总机构根据企业本期累计实际经营成果，统一计算企业实际利润额、应纳税额。将总机构计算的应纳税额分成相等的两部分，50%由总机构缴纳，另外的50%由分支机构缴纳。如果一个总机构下设多家分支机构，则再由各分支机构按照一定的比例，计算自己应在当地缴纳的税款，各分支机构的分享比例，按照各自的经营收入、职工工资、资产总额三个因素和0.35、0.35、0.3的比重计算得出。

　　需要注意几个问题：一是分支机构经营收入，是指分支机构在销售商品或者提供劳务等经营业务中实现的全部营业收入。分支机构职工工资，是指分支机构为获得职工提供的服务而给予职工的各种形式的报酬。分支机构资产总额，是指分支机构拥有或者控制的除无形资产外能以货币计量的经济资源总额。为简化数额确定，各分支机构的经营收入、职工工资和资产总额的数据，均以企业财务会计决算报告数据为准。二是这里提到的总机构的应纳税额是根据实际经营成果计算出来，而不是根据上年度应纳税所得额的一定比例计算。同时，企业在规定期限内按实际利润额预缴有困难的，经总机构所在地主管税务机关认可，可以按照上一年度应纳税所得额的1/12或1/4，由总机构、分支机构就地预缴企业所得税。以上公式中分支机构仅指需要就地预缴的分支机构，该税款分摊比例按照上述方法一经确定后，当年不作调整。

　　汇总清算，是指建筑企业总机构应在年度终了后5个月内，依照法律、法规和其他有关规定进行所得税年度汇算清缴。统一计算企业的年度应纳所得税额，抵减总机构、分支机构当年已就地分期预缴的企业所得税款后，多退少补。其中，当年应补缴的所得税款，由总机构缴入中央国库。当年多缴的所得税款，由总机构所在地主管税务机关开具“税收收入退还书”等凭证，按规定程序从中央国库办理退库。