（1）调解的非规则性与非程序性。日本和美国的学者都将调解归之于非规范的纠纷解决机制。从我国调解的实践来看，它也是非规范与非程序的，我们所理解的调解的优势其实都是建立在它的非规范性与非程序性之上的。就调解的过程来说，它本身没有一定的程式，一切都以当事人的和解协议为归指。调解的内容的正当性不是来源于法律规则，而是双方的认同，这就势必造成结果对规则的偏离。调解的非规则性与非程序性本身对于纠纷的公平解决不利。由于遵守规则是现代社会的基本原则，对这一原则的违反必然对社会的和谐与稳定产生潜在的威胁。（2）调解常常牺牲公正。对于这一点，西方学者多有论述。程序正义研究的佼佼者贝勒斯就指出程序正义的原则在协商式程序（包括调解）中不适用，因此，协商解决纠纷的方法起码基于两条理由是缺乏公平的：“其一，一方当事人可能比另一方当事人拥有更大的讨价还价的能力（bargaining power）。其二，由于形式正义不适用，因此，与特定某人就相同问题进行协商的不同的个人，可能就无法得到比较正义。” （3）调解也存在执行难。随着调解的增加、特别是强制性调解的发展，调解的执行难问题已经露出水面，相信随着强制调解的进一步发展，由调解所产生的执行难问题及其它的社会问题将日益显性化。调解解决执行难其实是以牺牲规范和公正为代价的，一旦当事人知道在调解中失去了规范所给予的权利或者上了对方的圈套，则反悔在所难免。时下不准反悔制度的确立，将纠纷延续到了执行阶段。同时由于调解与判决相较在程序上的劣势，它出错的可能性更大，这也埋下了执行难的隐患。（4）调解并不经济。如果一切天遂人愿，则调解无疑比判决要来得经济，但是这只是理想。就成本而言，法院的调解成本本身并不小，同时法院在计量调解的成本时是将社会成本忽略不计的。事实上，在所谓社会调解大格局的制度下，社会对调解的成本投入是相当高昂的：人民调解委员会的建制、乡镇司法所的建制、司法局的投入、乡镇政府的投入等等，实在是一个不小的数字。如果我们将这些成本投入到法院，相信将产生经济得多的效益。要进一步说明的是，强制调解的政策导向本身通过当事人的利益计量，转化为一种调解的成本，当强制调解成为一项公开的制度设计的时候，调解的成本将成倍增加。还有，我们计量成本的时候忘记了那些调解失败的案件。在那些案件中，调解的成本是无限大的。还有一点需要指出的，调解出错的可能性远远高于判决，因此它就要支付比判决更高的“错误成本”。人们在计算调解的成本时往往只计算“直接成本”，而忘记“错误成本”。正确的计算方法应当是追求“直接成本”＋“错误成本”的最小化。（5）调解切断纠纷的功能被夸大。调解有利于切断纠纷、有利于和谐只是一种臆断。诚如罗马格言所谓“有好篱笆而后有好邻居”，只有在权利明确的基础上才能建立真正的和谐关系。许多调解协议、特别是强制性调解协议缺乏公平这个和谐的基本前提，它只是将纠纷掩盖起来，因此很有可能酝酿一场更大的纠纷。这在婚姻家庭纠纷中特别严重，最早提倡替代性纠纷解决机制的美国已经将此类案件排除在调解范围之外，而我国恰恰强调此类纠纷必须调解。（6）调解对公民人格的不良影响。对调解的比较优势的肯定是建立在传统的息讼、耻讼观念之上的。“息讼有利于和谐，争讼有损社会和谐”这种和谐观念本身是有问题的：它将和谐理解为建立在人的利他主义行为方式和社会最小利益冲突状态。我国古代儒家的和谐社会正是这种和谐，恰恰在儒家的和谐社会理想中，人们对诉讼普遍表示厌恶。对于这一点，我国民国时期的大法学家吴经熊有精当的研究。他将争讼视为“自然现象”，认为，“没有争讼，就不会有真理，也不会有公道。法律以争讼为发源地，以公道为皈依处。”吴经熊认为，过分强调通过调解息讼对公民的人格会有不良影响：一是容易形成双重人格；二是造成心理的压抑，使民心不和顺，容易走向极端。