按照WTO的理解，《SPS协议》的根本目标是“在确认任何政府提供它所认为适当的健康保护水平的主权权利的同时，保证这种主权权利不被滥用为贸易保护主义的目的以及对国际贸易产生不必要的阻碍”。[25]为了达到这个目标，《SPS协议》引入了科学证明原则，规定任何卫生与植物卫生措施应根据科学原理（based on scientific principles），仅在为保护人类、动物或植物的生命或健康所必需的限度内实施， 不在情形相同或相同的成员之间构成任意（arbitrary） 或不合理（unjustifiable） 的歧视，其实施方式不得构成对国际贸易的变相限制（disguised restriction）；同时辅以风险评估原则，要求成员方保证其卫生与植物卫生措施，应以对人类、动植物的生命健康所进行的、适合有关情况的风险评估（ risk assessment） 为基础[26].并在第三条中规定了“协调”（harmonization）原则，即除非协议另有规定，SPS措施应根据现有的国际标准、指南或建议制定；这些规定的具体含义及其相互间的复杂关系，将在下文中结合有关案例进行详细评析。

　　（二） 举证责任的承担

　　“科学证明原则”的引入使得与《SPS协议》相关的纠纷中涉及到了大量的专业技术问题，举证责任的确定也就变得更为复杂和重要。例如，在欧共体荷尔蒙案中，WTO争端解决专家组和上诉机构对于举证责任承担就给出了相反的意见。

　　欧共体荷尔蒙案的案情是，世界贸易组织成立前，欧共体颁布了三个指令，禁止为促进牲畜的生长而使用含有促进荷尔蒙生长或激素作用的物质，同时禁止将使用前述物质的国产和进口牛肉或肉类产品投放欧盟市场。1997年7月1日，欧盟颁布了新的指令第96/22/EC号，取代前述指令，继续禁止进口或向欧盟市场投放含有荷尔蒙或激素的肉类或肉类产品，但用于治疗或动物技术的此类物质除外。欧共体荷尔蒙案涉及六种荷尔蒙，其中三种是天然的，另外三种是人工合成的。美国指控欧盟禁止进口含该六种荷尔蒙的牛肉和肉类产品违反了《SPS协议》第2条、第3条和第5条，《TBT协议》和关贸总协定第1条和第2条。

　　在此案中，欧共体认为应由美国证明使用有关促进生长的激素对人类的健康来说是安全和没有风险的，[27]而美国则认为应由欧共体来证明健康风险的存在并对此进行科学的风险评估。[28]专家组的意见是，实施有关卫生措施的成员方应承担举证责任，在有关的措施高于国际保护标准时更应如此。申诉方只需做出其他成员方违反《SPS协议》的初步（prima-facie）证明， 这之后举证责任就转移到了实施措施的成员方那里。专家组认为协议的第2条第2款和第3款、第5条第1款、第6款和第8款、第3 条第2款都支持这一观点。[29]然而，上诉机构却推翻了专家小组的结论。上诉机构认为，协议第2条第2款规定实施卫生措施的成员方必须保证“措施的实施仅在为保护人类、动物和植物生命或健康的必要限度内实施”，这与争端解决过程中的举证责任并无联系，一个成员方在实施卫生措施时不遵守国际标准的行为并不能导致它必须承担普遍的或特殊的举证责任的后果，这样做实际上是对成员方的一种惩罚。上诉机构认为《SPS协议》下的举证责任不同于GATT第20条中的举证责任，专家组本来应当分析美国和加拿大是否提供了足够的证据和法律论点，证明欧共体没有遵守《SPS协议》的规定。这意味着美国和加拿大必须做出初步证据，证明欧共体的措施没有建立在“风险评估”的基础之上，从而违反了协议第5条第一款的规定。[30]

　　上诉机构对于举证责任的认定引发了一个重要后果，那就是在WTO 体制下成员方对SPS措施提出申诉的难度将要比关贸总协定时期大为增加，因为申诉方在案件开始时就必须承担重要的或者说实质性的举证责任。结合上诉机构关于任何对违反GATT第20条（b）款的指控必须按照《SPS协议》的规定来解决的主张，我们可以得出，欧共体荷尔蒙案上诉机构的结论对于GATT时期认定举证责任的标准作出了根本性的变更。在WTO 的实践中，至少在举证责任这个问题上，贸易与健康的天平正在向维护成员方的公共卫生安全主权的方向上倾斜。