虽然对于超过法定期限作出行政行为应当认定为有效的行政行为，但是超过法定期限作出的行政行为无疑降低了行政效率，增加了行政成本。要想从根本上来杜绝这种情况的出现，笔者认为，首先要尽快制定出行政程序法。行政程序是行政机关作出行政行为的程序，是规范行政机关为达到行政目的而必须经历的步骤、采用的方式，以及实现这些步骤和方式的时间和顺序的法律规范的总称。实际上，程序就是操作规程。没有程序保障，实体权利义务是无法实现的。从法律上把行政行为自受理或发现到作出行政行为的程序规定明确，如不按程序进行就是行政违法，促使行政机关依法及时作出行政行为；其次提高行政执法人员的自身素质，从思想上使其从严要求自己。

　　三、超过期限作出的行政行为对司法审查的影响

　　司法审查是现代民主国家普遍设立一项重要法律制度，国家通过司法审查来监督制约行政机关依法行政，保护行政相对人的合法权益。特别是我国加入WTO后，给人民法院对具体行政行为审查的既有标准带来了一定的冲击。并且WTO 对行政行为方面在很多地方做出了原则性的规定，并要求各成员国在行政管理方面遵循公开、公正、透明、程序一致等原则。如TRIPS第41条第二款规定：“执法程序应该公平和公正，不应有不必要的复杂或高昂的费用、无端耗时或延误。”我国《行政诉讼法》第五条规定：“人民法院审理行政案件，对具体行政行为是否合法进行审查。”因此，人民法院对具体行政行为的司法审查只审查具体行政行为的合法性，而不审查具体行政行为的合理性。《行政诉讼法》第五十四条第二项也规定对于违反法定程序的具体行政行为予以撤销。对于具体行政行为的违法从程序和实体方面来分可以分为三种，第一种是程序违法，实体上也直接损害相对一方的合法权益，即程序违法，实体也违法；第二种是程序违法，实体上并未对向对方的合法权益造成侵害，即程序违法，实体正确；第三种是程序合法，实体违法。在此，我们只对前两种情况中超过法定期限作出的具体行政行为进行分析。笔者认为对于行政主体超过法定期限作出的具体行政行为应当根据案件的具体情况应作具体分析，而不应当以法律没有规定为由一律认定为有效。 笔者认为对超过期限做出的行政行为在司法审查中应当注意在以下几个方面：

　　（一）对超过法定期限作出的具体行政行为不应撤销的情况，即程序违法，实体上并未对相对方的合法权益造成侵害，即程序违法，实体正确的。对超过法定期限作出的具体行政行为看其是否侵犯了行政管理相对人的合法权益或者有无可撤销的内容。根据某些行政行为的特点，如果法院在行政诉讼中一律以违反法定程序为由予以撤销不仅不会更好地保护行政相对人的合法权益，反而会损害其合法权益。如行政许可行为，行政许可是指行政机关根据相对人的申请，以书面证照或其他方式允许行政相对人从事某种行为，确认某种权利，授予某种资格和能力的行为。从行政许可的概念我们可以看出行政许可是一种准许、容许行为，如果相对人以行政主体违反法定程序，侵害了其合法权益为由诉至法院，若法院以违反法定程序为由予以撤销，只会对相对人的合法权益造成更大的损害。例如根据《中华人民共和国执业医师法》第十三条规定“对受理申请的卫生行政部门，应当自收到申请三十日内准予注册，并发给国务院卫生行政部门统一印制的医师执业证书。”如果行政机关无法定理由或者正当理由延误给行政管理相对人颁发医师执业证书，势必侵害了相对人的合法权益，对于此种情况下，如果相对人起诉，人民法院如以被告违反法定程序为由予以撤销，同时判决行政主体重新做出具体行政行为，只会给相对人造成更大的损害。再如，对于超过时限作出的具体行政行为的设定的权利义务已经实施完毕，已无可撤销内容的。对于以上几种情况笔者认为应当判决确认其具体行政行为程序违法，而不能判决撤销。