《财政部、国家税务总局关于提高农产品进项税抵扣率的通知》（财税〔2002〕12号）规定，从2002年1月1日起，增值税一般纳税人购进农业生产者销售的免税农业产品的进项税扣除率由10%提高到13%，根据买价按13%计算进项税额。《财政部、国家税务总局关于增值税一般纳税人向小规模纳税人购进农产品进项税抵扣率问题的通知》（财税〔2002〕105号）规定，增值税一般纳税人向小规模纳税人购买农产品，可按照财税〔2002〕12号文件的规定依13%的抵扣率抵扣进项税额。

    根据《农业产品征税范围注释》（财税字〔1995〕052号），现行的农业产品是指种植业、养殖业、林业、牧业、水产业生产的各种植物、动物的初级产品。

    由于增值税一般纳税人购进的农业产品计算抵扣税额的基数是买方支付的全部价款，而销售货物的销项税额的计算基数是不含税销售价格，为收取的全部款项除以增值税税率，二者的计算基数不同，导致了目前增值税一般纳税人农产品收购和加工企业存有大量的留抵税金。

    假设，农产品经过初加工或直接用于出售，抵扣率和税率是相等的，同为13%，单位收购价是M，则增值税一般纳税人计算抵扣的进项税额是13%M，农产品出售价格是N，则销项税额是13%N/（1+13%），在进项税额和销项税额相等的情况下的平衡点是N=1.13M，也就是说，收购价格为100元，销售价格应为113元（未考虑其他因素的影响）进项和销项才能持平，此时的毛利率为13%.试想，仅以收购后直接出售，要想达到这样的差价几乎是不可能的。

    上述仅仅是理论数据，现以稻谷收购、加工销售为例（其他农产品类似），经过调查测算，分析由于不同的计算基数口径导致留抵税额大量存在的事实。某增值税一般纳税人农产品收购加工企业向农户收购1吨稻谷，平均每吨1880元（每公斤0.47元），根据财税〔2002〕12号文件可以计算抵扣进项税额244.4元，稻谷的平均出米率为68%，出皮糠14%，稻壳14%，平均每吨大米2700元，皮糠1300元，稻壳200元，1吨稻谷生产的产品合计销售额（含税）2046元（0.68×2700＋0.14×1300＋0.14×200），应计提销项税额235.38元（2046÷[1+13%]×13%），每吨稻谷加工成大米需耗用电费32度左右，平均每度电0.75元，计24元，即1吨稻谷耗电可以抵扣进项税额3.49元（24÷[1+17%]×17%），收购1吨稻谷并销售其产品的留抵税额为12.51元（244.4+3.49－235.38）。

    根据现行的农产品税收政策，增值税一般纳税人可实施产品结构调整进行税收筹划，达到节约税收成本之目的。如某企业为增值税一般纳税人，开办于2005年5月，经营范围农用机械制造、销售业务。2005年机械部分实现销售收入980万元，销项税额166.6万元，当年进项税额为102.9万元，2005年应纳增值税63.7万元。如果该企业2005年实施产品结构调整，兼营粮食收购或加工销售业务，2005年向农业生产者收购稻谷1万吨，该企业粮食收购、加工销售部分有留抵税额12.5万元左右，则该企业2005年实际应缴纳增值税51.2万元，比之产品结构调整前要少缴增值税12.5万元，也就是说节约增值税税收成本12.5万元。

    另外，农药生产企业，其采购的化工原料的进项税率一般为17%，而销售农药产品的销项税率为13%；农用机械生产企业，其购进的原料如钢材，用的电费等进项税率为17%，而销售的农机产品的销项税率为13%等等不一一列举，利用销项税率小于进项税率的税率差同样可以达到节约税收成本之目的。由此看出，企业可利用国家特定的税收政策，通过产品结构的调整来进行税收筹划。