大诉讼法赋予了司法机关行使鉴定的决定权和委托、聘请或指派鉴定人的选择权。同时《民事诉讼法》第63条规定： “鉴定结论作为诉讼证据，必须经过法庭查证属实，才能作为认定事实的依据。”也就是说，司法人员在收到鉴定人员的鉴定结论后，必须经过审查其客观真实性 后，才能决定是否采纳。可见，两种规范的鉴定委员会是否唯一和只有鉴定结论才是认定和处理医疗事故的依据，这两个问题上是矛盾的。因此，谁行使完全的司法 鉴定权是关系到鉴定结论的证据性的重要问题。
　　（二）医患双方缺乏信任基础
　　根据《办法》的有关规定，医患双方发生医疗纠纷以后，卫生行政部门的处理 是诉讼前的必经程序。换句话说，只有经过卫生行政部门处理后，当事人对处理结果不服时，才可以在规定的时间内向人民法院提起诉讼。而在实践中，不经卫生行 政机关处理，甚至未经鉴定的案件直接起诉到人民法院的并非少见。究其原因，主要是患方对卫生行政部门及鉴定机构存在着不信任的问题。根据《办法》规定，鉴 定委员会的办事机构设在同级的卫生行政机关，负责本地区医疗纠纷的技术鉴定工作。鉴定委员会的委员要选择有临床经验，有技术，有权威，作风正派的主治医 师、主管护师以上的医务人员和卫生行政管理干部，担任委员的人选由卫生行政部门提名，报请同级人民政府批准。这一系列的规定正是导致患方不信任的起因，这 主要表现在：一是鉴定委员会的办事机构设在同级的卫生行政机关，很容易给人一种“两块牌子，一套班子”、“一家人”的印象。二是各级鉴定委员会负责本地区 医疗事故的技术鉴定工作，即当事医院与鉴定委员会成员所在医院同属一个地区，这种同行加近邻的关系，作为事故的直接责任者，完全可以通过关系网和其他手段 请求鉴定人为其网开一面，而鉴定委员会成员出于种种考虑，也确实往往手下留情。三是卫生行政部门对鉴定工作的介入，也常使患方深感不安。因为，卫生行政部 门在医疗事故的鉴定中，不仅仅是对鉴定委员会人员进行提名，而且还起着召集和组织专家的作用，甚至有些领导直接参加鉴定，并在鉴定委员会中担任要职，对事 故鉴定起着定调的作用。正是由于在鉴定过程中这种令人不信任因素的存在，实践中有时会出现即使真的不是事故，患方也不信任的局面。作为医院，则因为和鉴定 委员会的这种特殊关系，有理说不清，陷入非常被动的局面。由此可见，目前的鉴定体制已经很难保证鉴定结论的可靠性，很难圆满地完成日趋增多的医疗纠纷鉴定 任务。