罚款是行政管理活动中运用得最为普遍的一种处罚措施，存在的问题也最多。一些行政机关将罚款作为创收的一种手段，用来解决本单位经费不足，或用于发奖金和办福利，造成罚款受经济利益驱动，导致行政机关滥罚款，侵害了公民、法人的利益，腐化了干部队伍，破坏了政府形象，影响了政府和群众的关系。为了防止行政机关及其执法人员行政管理活动中受经济利益驱动而滥施处罚，杜绝行政管理活动中的不正之风，行政处罚法规定了罚款的决定机关和收受罚款的机构相分离的制度。除行政处罚法第四十七条、第四十八条规定的情形外，作出行政处罚决定的行政机关及其执法人员不得自行收缴罚款。当事人应当自收到行政处罚决定书之日起 15日内，到指定的银行缴纳罚款。银行应当收受罚款，并将罚款直接上缴国库。行政机关违反行政处罚法关于作出罚款决定的机关与收受罚款的机构分离的规定，自行收缴罚款的，由上级主管部门责令改正，对直接负责的主管人员和其他直接责任人员依法给予行政处分。
    罚款、没收的非法所得和没收的非法财物归国家所有，罚款、没收的非法所得和非法财物拍卖的款项应当全部上缴国库。实践中，有的地方为了解决行政机关的经费不足，将行政机关的罚款、没收违法所得和没收非法财物拍卖收入按一定比例返还给行政机关。这样一来，行政处罚对处罚机关来说有利可图，行政机关罚得越多，它得到的就越多，形成收支挂钩，互相推动的利益格局，助长了现实中的滥处罚问题。为此，1986年12月31财政部颁布了《罚没财产和追回赃款赃物管理办法》规定了罚没收入与执法机关的行政经费、办案经费开支分开，罚没收入全部上缴财政，行政执法机关所需经费由财政部门另行拨给的制度。但这些规定没有从根本上解决收支挂钩的问题。为了解决这一问题，行政处罚法规定，罚款、没收违法所得或者没收非法财物拍卖所得的款项，必须全部上缴国库，任何行政机关或者个人不得以任何形式截留、私分或者变相私分；财政部门不得以任何形式向作出行政处罚决定的行政机关返还罚款，没收的违法所得或者返还没收非法财物的拍卖款项。财政部门违反上述规定，向行政机关返还罚款、没收的违法所得或者返还没收非法财物的拍卖款项的，由上级行政机关或者有关部门责令改正，对直接负责的主管人员和其他直接责任人员依法给予行政处分。