对国务院部门或者省、自治区、直辖市人民政府的具体行政行为不服的，按照向上一级行政机关申请复议的原则，理应向国务院申请复议。但是，考虑到国务院是最高国家行政机关，它主要是制定方针政策的，从全局上处理行政事务，一般不宜。也难以处理大量的具体行政事务。如果规定国务院也要受理行政复议，可能不胜其繁，影响国务院的正常工作。因此，公民、法人、其他组织认为国务院部门或者省、自治区、直辖市人民政府的具体行政行为侵犯了其已经取得的土地、矿藏、水流、森林、山岭、草原、荒地、滩涂或者海域等自然资源的所有权或者使用权的，应当先向作出该具体行政行为的国务院部门或者省、自治区、直辖市人民政府申请行政复议。对行政复议决定不服的，可以向人民法院提起诉讼；也可以向国务院申请裁决，国务院作出的裁决为终局裁决。如果选择了申请国务院裁决，则不能再提起行政诉讼。