《知识产权海关保护条例》最早是1995年7月颁布的。虽然中国海关已经在1994年9月开始实施知识产权保护，但当时还没有相关的法律规定。为了使海关执法做到于法有据，中华人民共和国国务院于1995年7月5日发布第179号令，颁布《中华人民共和国知识产权海关保护条例》。该条例于1995年10月1日起施行。《知识产权海关保护条例》的颁布实施，标志着中国海关对知识产权的保护工作进入了一个法制化和制度化的阶段。
  为进一步加强知识产权海关保护工作，国务院于2003年对《条例》进行了修订。温家宝总理于2003年12月2日签署中华人民共和国国务院第395号令，公布了修订后的 《条例》。新《条例》自2004年3月1日起施行。