在农村有建设用地批准书，没有土地证，房产证，已建2层，想加盖3层到5层，如何办理手续？

大家好，我朋友现在的房子底层面积是384平方，总共两层，上层400多平方，属于在农村宅基地上建的房子，其中自家宅基地150平方，向村里其他村民购买受让120平方，这两个有两份建设用地批准书，另外村里建路的时候拆除老房子，村委会出具证明，用意将拆除的120平方公积到新建房子上，这个没有建设用地批准书，只有证明，当初房子就是在这样的基础上捡起来的，城监大队同意的。
  现在想请问专业人士，如果现在想加盖到3层，到5层，可以吗？如果可以，应该怎样办理手续?
  另外房子所属的地块被城市总规划规划为1，2类工业用地，如果将来万一有拆迁的话，政府会怎样赔偿我朋友，（手续：两份建设用地申请书，一份村委会证明），这样赔偿和去办理土地证后，房产证后的赔偿会差很多吗？
  谢谢大家！ 
问题补充：房子是03年建的，市总规划规划为工业用地是06年 
房子所在的地区是福建省泉州市石狮市   
!!!!!!还有重要的一点，我想请问下现在只有两份建设用地批准书和一份证明，如果遇到拆迁，得到的补偿和办理房产证后的补偿会差多少？听说会差好几倍，是真的吗？