我需要交多出3%以外的面积吗

我该交除房屋总面积3%之外的其他房款吗？
前年买了济源山水世界城的房子，本该今年2月底交房，4月20号开发商通知可以收房了，到那里才发现房屋面积比买的时候面积多出将近12平方，现在开发商让根据合同上的条款约定第一条（以测绘部门测绘面积为准）补交房款及由补交契税（本身138的房子，现在是150了，契税翻番），还有房屋维修基金等都多了，但是合同上有大项约定超出房屋总面积3%为合理面积，超出之外应该开发商承担，我应该补交全部12平方房款吗？
----------------------------------------问题补充：--------------------------------------------------
那合同上的自行约定的那条还管用吗？开发商现在说要依照第一条的约定来算，另外，由此带来的契税增多和房屋维修基金增多，是不是应该我自己承担？ 另外，我们小区有200多户都存在这个问题，如果走法律程序，我们是一起起诉好，还是个人起诉好？ 如果起诉，像其他比如房屋质量问题，房屋交付期限过期都等问题是不是可以一起提出来？