快递公司签收回单和其开具缺货证明有出入，我可否追讨丢货的3999元损失

我于2012年5月15日委托中通速递发送快递，快递单号：718030839395，发送内件品名在快递单上清晰注明：吊坠、项链、首饰盒、眼部打底。5月17日中通速递网站查询到收件方已签收。5月24日在淘宝维权通道上收到收件方提供的证明，该证明盖有上海中通快递三林二部的红头章，内容是快递员证明5月17日与收件方收到的快递首饰盒是空的，没了项链和吊坠，证明落款的日期是2012年5月24日。事后找到我委托的中通快递网点合肥政务区二部，与上海三林二部核实该快递情况，三林二部客服回话说此快递已经正常签收，并提供了该快递的签收回单，快递公司无任何责任，不存在货物短少情况，无任何过失。 
我的这次快递是在淘宝申请的退货维权，上海中通速递三林二部快递员提供的这个证明导致我的退货款不被支持，3999元的货款就这么没了。而中通速递这边明确告知我他们只认签收回单，签收回单无特别注明，他们就没有任何过失责任。目前我是钱财货物两空。合肥中通政务区二部网点也已提供给我该签收回单的扫描件了，签收回单上签字“包装完好、李”。如果这次快递是正常无误的派送，快递公司不承担索赔责任，可这个盖有网点章的缺货证明是否有效，我可以起诉快递公司讨回我的货款吗？快递并没做保价，但快递单上有注明寄送的物品名称和数量，淘宝的交易记录里也可证明我所邮寄的货物的交易价格为3999元。
目前我手上的证明1、我的快递底单2、我发件合肥网点的快递底单照片3、上海三林二部传回的快递签收回单扫描件4、盖有上海三林二部快递网点章的证明文件（证明的落款是2012年5月24日，签收日是2012年5月17日）