历史遗留宅基地房屋是违法建筑吗

我们家在农村，老房子以前有产权，90年代初拆了，因为与周围邻居（大家一起拆的）没有商量好边界，一直拖到1998年才开始重建，那时因为上面不批，所以我父亲开始搭棚，后来在里面盖了房子。现在村里拆迁，被认定为违法建筑。我不服。因为按照本市的违法建筑认定标准：根据《认定办法》第六条规定，有下列情形之一，因历史原因审批手续不完整而未登记的房屋，经依法认定、处理后，可视为合法建筑：
　4、已领取土地使用权证，且已经规划部门罚款处罚并按照规定缴纳城市基础设施配套费的房屋。（我们没有土地使用权证，但村里一直承认，他们拆迁办也是认可是我们家的，而且根据浙江省有土地确权的文件“（三）1987年1月1日《中华人民共和国土地管理法》实施起至2009年12月31日，农民建房未经批准或超过批准面积占用宅基地，但建房者符合建房条件，且所占宅基地符合土地利用总体规划和村镇规划的，经本农村集体经济组织同意并公示无异议，在对规定面积标准内的未批部分进行处理（处罚）后，按土地利用现状补办用地审批手续，并按批准面积确定宅基地使用权。”，该土地我们是有事实上使用权的）。