男方想要起诉离婚，可是女方失踪了，扔下一个三个月的孩子，请问如果起诉离婚孩子判给谁

这是可以从有利于孩子成长的角度来确认抚养权的

失踪、下落不明是要一方离开自己户籍所在地或经常居住的地方后，去向不明，与任何人都不联系，没有一点消息，而且时间持续两年以上。满足这些条件，法院才会认定为失踪、下落不明满两年，视为夫妻感情破裂，判决离婚。

能不能离婚或者是想离婚，需要根据男女双方的具体情况来看，看选择哪种离婚方式，看你们之间是否存在可以判离婚的情形等。离婚有两种方式选择，一种方式是双方协议离婚，协商好双方一起去民政局办理相关离婚手续，这种情况是男女双方都同意离婚；另一种方式是去法院提起诉讼离婚，这种情况适用于一方不同意离婚。法院判决离婚的标准是夫妻感情确已破裂，而夫妻感情确已破裂是根据男女双方之间的情况来判定的，主要是判定双方之间是否存在家暴、遗弃、虐待、吸毒、赌博、重婚、坐牢、感情不和分居两年以上、难以治愈的身体缺陷或疾病等情形，法院会根据双方的情况来判定。
当然在这个期间男女双方是可以随时协议离婚的。

对于小孩的抚养权一般先由男女双方协商解决，双方协商解决不了起诉到法院，法院会根据双方的扶养条件、教育背景、小孩年龄以及夫妻双方是否存在不适合抚养小孩的特殊情形来判决。具体而言法院会综合考虑男女双方的工作时间、经济收入情况、住房条件、与孩子相处的时间、家人能否帮忙一起照顾小孩、学历等情况。这里的特殊情形是指一方长期存在家暴、遗弃、虐待小孩的情形或者是自身存在吸毒、赌博的恶习且屡教不改。