工程完工，以工程质量问题为由要求赔款，但工程以使用。

我是加工钢结构的。甲方是私企，甲方提供材料，我们加工，安装也是甲方找的人，有哪些加工不到位之处，安装队直接通知我们去修理，我们也去修理了。三栋厂房在2016年3月1号开始，加工到5月底结束。在去年结账时甲方说验收不上为由要求我们在去修理。大梁纽了一点，他们的防护工程都做完了，修的办法只有一个那就是拆下来从新校正一下。他们不让拆。想办法修，那真是强人所难。就这样慢慢的甲方以工程验收不合格为由不结款，我们也找了各种专业人员看了工地，都说这不影响工程使用，他们说要找监理公司.还有有关验收这方面的人员验收，说是什么国家补助。甲方在2016年9月份说要起诉我们，就这样不了了之了。去年年底要账，甲方说还没验收呢要打官司。就这样我们也没办法了。去年年底他们厂开始进设备，我不知道去年年底生产没，但是我知道今年过完年甲方工人都在车间干活，设备都在运行，厂里已经生产出了很多成品了。就在最近他们又拿打官司说要我们赔钱。请问我们现在该怎么办？