夫妻双方签的分居协议，没有提到分居两年后，该继续分居还是离婚

夫妻间财产约定需以书面形式作出，一般是有效的，但是关于房产的约定在法律上视作房产的赠与关系，如果约定没有经过公证，那么该约定在房屋变更登记前是可以撤销的。
根据法律规定，分居满两年是法定的感情破裂的情形，法院判决离婚的可能性较大。需要注意的是法律上分居并不包括分房居住，而且必须是因感情不和分居，比如，夫妻分别在两地工作，因相隔遥远而没有同居条件，这种夫妻分居并不是因感情不和而造成的，即使分居的时间再长，也不符合“因感情不和而分居”的法定应准予离婚的情形。并且分居满两年后并不能自动离婚，只是法院判决离婚的一个条件。

分居协议可以作为证据

可以作为证据。