2人3万元注册的有限公司现在被法院冻结50万元是否合理

我是某建材有限公司（注册资本3万元）暂且称A。某房地产有限公司暂且称B。A与B做配套工程，保修期1年，已全部完工2年有余。现因为配套工程中有部分主材出现问题，主材品种是B定的，A负责购买并制作安装。主材出现问题主要是B没有及时维护和保养。后来B请其他公司修理和保养据说花费40几万元。之前B嫌A的修理和保养的报价高，目前看来花费比A报价高。现在A接到银行通知其公司基本账户被法院冻结50万元。应该是B起诉A。不过A账户内只有3元多钱。想请问专家2人3万元注册的有限公司A现在被法院冻结50万元是否合理。另外即使A官司输了，是否只需要承担3万元的赔偿。不过A一定会赢官司，B必输掉官司。因为B起诉A购买的主材不合格，但国家和行业都没有该主材规范和标准，A在主材进场施工前后B都没有提出异议（此过程有3年多），且不是所有都出现问题。其次主材的使用是B在合同中确定的。还有A通知B主材需要维护和保养，B不重视没有及时维护和保养，造成部分主材需要维修。另外一个问题就是工程完工后，B将A的决算金额扣了3.3万多元（B无理由，所有参建单位都有或多或少不等的扣款，不同意不给工程进度款），此事在没有发生工程问题前。后来发现工程问题后，B又拒付A1.7万多元的尾款。如果A赢了官司是否可以要回共计5万多元工程款。若B赢了A是否可以要回2万多元的余款。