在施工投标过程中遇到麻烦，急求帮助

我所在的公司，于2010年4月5日接到某工程的招标文件并通知于2010年4月6日下午两点半交标。尽管时间仓促，但我司还是参与了此次的投标活动。
当时本工程的投标保证金为100万元，后来由于资金问题于4月5日只打了50万元（当时招标单位认可50万也可投标），到了第二天投标的时候招标单位又说50万不行，就又打了50万，共计100万元的投标保证金。直至下午四点我方第二笔50万的保证金到位到，才进行了开标。
由于我公司的失误，开标后发现，由于我公司商务人员的对投标文件的重大误解，造成了报价低于成本价的状况，低于四家投标单位平均值的20%。
照一般情况，这种明显低于成本价的标书应该被废。但该招标单位没有这样做，经过评审小组的审查，招标方和业主方均知道我司在投标过程中出现了重大误解造成报价重大偏差的情况。
我方也于2010年4月7日以书面形式向招标方发送了紧急联系函，告知了我方的失误现状。
但从4月8日起，招标方多次让我方致函，让我方承认自已本次投标要约无效。如果不承诺的话，就扣除我方100万元的投标保证金。
我公司现在该怎么办啊？该不该回这个函件呢？！

但我方若承认此次要约无效的话，是不是就算也违约了？也会赔偿？！
我公司现在是承诺也不是，不承诺也不是，怎么办啊！

此次招标，确实是属于重大误解造成的啊，绝无恶意中标或串标的行为啊。。。。。。。
唉。。。。。。。。。。。

怎么办，怎么办？！