我的二级建造师挂靠在甘肃省庆阳的的一家建筑单位（我是通过中介找的

我的二级建造师挂靠在甘肃省庆阳的的一家建筑单位（我是通过中介找的，是与中介签的挂靠协议，未与该用人单位签协议），证书于2016年11月初就到期，在这之前我就已经提前一个月通知他们了，但直到2017年4月21日，他们还不办理注销手续，一直拖延我，我是否可以到当地部门申请劳动仲裁？
我的疑虑：1、证书挂靠应该是不允许，是违法的。
          2、对方注册我的证书，对方应该自己造了份劳动合同。
          3、走诉讼程序可行吗？我会被追究什么养的责任？会不会影响我注册一级建造师？
请教律师：我应该如何争取自己的权益？
问题补充：
4、如果申请劳动仲裁，需要准备什么材料？