该怎么办

2014年4月13日，南京五金城与南京顺达物流公司业务员李某签订运输协议一份，约定：南京五金城委托李某运输一批五金器械至北京机械制造厂，运费总计5200元。协议规定“凭发货回单，以正规发票来结算运费”。当日，就上述协议所涉及的设备的运输事项，李某作为托运方又把业务外包给聘用的驾驶员丁某，他与丁某签订公路货物运输协议书一份，约定由丁某承运该批设备至目的地，总运费为5200元。关于运费的支付方式，该运输协议中载明“货到目的地收货方验收无误一次付清”。
上述两份运输协议订立当日，丁某到南京五金城实际装载了待运输的设备，同时收执南京五金城制作的发货清单，李某作为运输人在该清单上签名。2014年4月17日，丁某将发货清单随运输的设备带至收货方北京机械制造厂。机械制造厂收货后，在发货清单上注明：“清单内所有部件收到，按合同收货时缺金刚石钻头、电锤钻头及附件”。当日，在机械制造厂未向承运人丁某支付运费时，李某为了丁某能向机械制造厂收取运费，与南京五金城把在2014年4月13日双方签订的运输协议中有关结算运费条款的“以正规发票来结算运费”的几个字划去，另外增加了“对方对照发货单验收无误后一次付清运费”的内容。李某将修改后的运输协议及南京五金城与北京机械制造厂之间的五金产品定制合同传真给北京机械制造厂，但机械制造厂仍未向丁某支付运费，仅于当月19日向丁某出具了一份证明，在证明中除了重复机械制造厂在发货清单上注明的产品异议外，另外表示应该由南京五金城协调给予支付运费。
丁某未能收取运费时，以其原先与李某之间的公路货物运输协议书遗失为由，与李某补签了一份货物运输承托双方协议书。此后，向南京市法院提起诉讼，要求南京五金城与李某共同给付其运费5200元。
法院该如何审理此案？