特岗教师服役已经两年，考上研究生，要交违约金么？

我是2010年成为南宁市武鸣县特岗教师，现教学两年，教学成绩优秀，于今年考上全日制研究生(公费）。于教育局提档案，教育局说我并未违约，但因合同是三年，需要交5000元的培训费才能办理，这个合理吗？（合同上只违约责任栏才需要交违约培训费5000元。）
    我们合同上说的很清楚，考上高等院校和依法服兵役可随时解除合同。这算违约吗？
    注：我们特岗培训时明文规定是两周，但其实那时教育局只培训了两天，工作期间经常拖欠我们的工资。