分居一年自然离婚，宝宝户口在女方家，也在女方居住地上学，宝宝一直由女方家人带

没有自然离婚一说。。要么双方协商到民政部门办理要么起诉离婚。。。

您好，对于小孩的抚养权一般先由男女双方协商解决，双方协商解决不了起诉到法院，法院会根据双方的扶养条件、教育背景、小孩年龄以及男女双方是否存在不适合抚养小孩的特殊情形来判决。具体而言法院会综合考虑男女双方的工作时间、经济收入情况、住房条件、与孩子相处的时间、家人能否帮忙一起照顾小孩、学历等情况。