10多年手里都拿着一本农村户口簿，前几天微机说全家人是城里人

我弟弟十几年前曾读过一个水货技校，但一直未有什么工作单位，只是去东莞打了一年左右的工，至现在都在家务农，爸妈也是农村户口，弟媳也是农村户口的，结婚后生了一女孩，大小五口人都办了农村合作医疗几年了，但是二胎女孩刚一岁，前几天，竞然来了一个超生罚款8万元通知，说弟弟他们三口是城市户口，全家都蒙了啊，都不明白几时变成城里人？计生办人说什么微机里三口子就是城市户口。这么多年来，村里人或乡里人都知道他们都在家务农，不然也不会给办农村合作医疗，前胎是女孩，在刚怀二胎时，计生办也没说不允许生二胎，现在到好，孩子都一岁了，来一通知说是城里人要罚款80000，请问如果不是农村人，当时他们也不会给办农村合作医疗？不会允许生第二胎呀？弟弟手上有一个他三口的农村户口簿，爸妈农村户口簿上也有第一胎女孩的名字，弟媳娘家里的户口簿上还留有她的名字，也没标什么转迁或注销等。
请问我们怎么样做？找哪些部门？才能还我们农村人的身，非常谢谢！！