工程款纠纷

08年5月，我公司与外省甲方签订了工程施工承包合同，而后我公司负责的员工又私下转包给了当地的个人，在施工过程中，实际施工人私刻公章，直接从甲方领取工程款，我公司在第一次事件发生后，与甲方商定再次领款一定要我公司员工凭公司财务章才能领取，可是后来又接连发生二起直接领款事件，把我公司排除在外。
而后因甲方经济原因，造成很多工地停工，挂我公司的工程也在内，09年5月，实际施工人看甲方付款困难，又将我公司告上法庭，我公司要求将甲方追加为被告，法院以甲方是政府为由拒绝，并在同一天下了二份定裁定，第一份查封我公司160万元（帐上实际金额为32万元），第二份看我公司账上有钱，又查封218万元。原合同按理838每平方计算，总工程款不到300元整，工程只施工到主体，最多只完成了60%，已经领款90万元，实际施工人提出要不能按合同计算，要按市场价计算，单方委托一家审计机构出具了一份报告，价格远超原来合同价，请问这合理吗？
10年5月，法院判处我公司支付工程款250万元整。实际施工人不用交一分钱税金，全部由我公司承担，我公司认为这样导致实际施工人偷税，法院表示税金由税务部门管，不归法院管理。