承包经营问题

当事人甲原为某国有A企业的某部门主管。A为了其经营发展，减轻自身负担，于95年与甲签订了《承包协议》，由甲承包了其所主管的部门，由其自主经营，并给在其部门工作的几十位职工发放工资等等，A不进行任何的经营管理。承包期间，甲利用其承包所得成立了一家公司D，对外进行经营活动，并自认法定代表人。
   99年，A被某大型集团公司B所吞并，但仍有一部分人员等被剥离了出来，被剥离出来的部分合在一起组成了国有C厂。甲所在的部门留在了B，而甲带着他承包期间所形成的资产（主要包括D公司）到了C厂，在C厂期间，D公司仍旧由甲自己经营，并给在其内工作的职工发放工资等等。03年的时候，C厂进行企业改制，由国有改成了民营。
     再之后，甲因为某些原因离开了C厂。现与C厂的关系为：停发工资，但各种保险等仍旧由C厂缴纳。甲在离开的时并没有把之前带进C厂的D公司带出来，D公司全部在未做任何变更的情况下仍旧由C厂继续使用。
    想咨询一下专业法律意见，D公司以及在其账上的部分资金，现在应当怎么处理？甲能够主张什么样的权力？能否要求C厂返还D公司的注册资本金以及账上资产，或者能否把D公司作为C厂改制为民营公司后甲的股份进行处理或者要求赔偿？与这件事情有关联的法律文件都有那些？