土地使用权问题

A国企公司向市规划局申请还建项目《建设用地规划许可证》获批；A国企公司随后改制，吸收民企B公司法人股份占改制后的新企业H公司总股本的50%。A国企公司以划拨土地（2-6地块）使用权、房屋等实物资产经评估后的净资产出资，占H公司总股本的48%；职工出资占H公司总股本的2%。领取H公司营业执照。(注：新企业H公司未依法办理土地使用权转移手续。)时隔3个月后，该市政府签发“城区建设用地批复”：“根据《建设用地规划许可证》同意你单位自有用地范围内面积XXXX㎡，作为酒店建设用地，暂收土地出让金8XX万元，待规划调整后，按实际面积收取土地出让金。”
问题：市国土部门为什么要对改制后的H公司(股份制)，收取土地出让金？有法律依据吗？H公司对2-6地块有使用权吗？