继父跟我母亲分居五年左右了，因债务一直没有办理，现因我的祖籍莫名变成跟着继父走了

婚生子女和继子女享有同样的权利，所以你的户籍跟你继父是可以的。但是考虑到你母亲和你继父的关系，如果你想把户籍变回你母亲那里，可以让你母亲去申请变更户籍，如果你继父不同意，可以向公安机关提要求，如果公安机关以你继父不同意为由，不办理迁户口，你们可以起诉公安机关行政行为不当。