是否需要支付违约金？这样调档案可以吗？档案中的毕业生转正定级问题如何解决？

我是2012届毕业生，7月到义乌的一家医院上班，当时是事业编制的，报到证都交给医院了，10月底医院通知我办理录用手续，因为个人原因，我放弃办理，12月底正式辞职，现档案放在义乌人才交流中心，那里说要医院的辞职证明，医院就问我要3000的违约金，当初并没有说违约要支付违约金，工作的半年期间也没有和我签劳动合同，我这样是否需要支付？
转档案时需要调档函，这个我现在的人才交流中心可以开，由于我目前的单位是事业编制的，医院的盖章不能用，但是私企的盖章可以用，用私企的盖章出具的调档函将我的档案调回自己县的人才交流中心可以吗？对我明年考医院的事业编制有没有影响？
毕业生档案中有一个转正定级，说是要毕业工作满一年填申请表格后才生效，我现在在新的医院上班，派遣证的单位和新的单位不是同一家，影响了我的转正定级，我是否可以向学校申请新的派遣证，这样就可以转正定级了？晚一年转正定级有何影响？中间的一年档案如何补回去？