公司成立的时候，我是法人占公司99.9%的股份，小股东占0.1%股份

按股东会议决议 依法处理。

您好，可以起诉。但还须采取一个同步措施，就是立即直接拿营业执照和法定代表人身份证明去报社登报挂失，然后重新刻印章即可。原印章就此作废。但还索追索，以杜绝再次夺印。
公司的公章，是公司的身份证明，只有公司的法定代表人有权决定公章的用途和保管权。
他人强占公章，企业法定代表人完全可以采取上述方式解决问题。

第二、如果你想除名小股东，通常是股东协商达成一致，通过股权转让完成或退股完成，协商无法达成一致的，只能通过法律途径解决，而法律的依据则应当根据实际情况对照《中华人民共和国公司法》若干问题的规定(三)。

具体情况您可以来电和我详细描述一下，希望能够帮到您保护您最大的权益。