房主欠下了两个人的巨额款

如果是只有一套房产 那么是不能拍卖的。法院会判决房主偿还你们的债务。

按你所述情况，若只是房产证在另一债权人手上，但并未登记，该抵押权并不生效。你和另一债权人的债权是平等的。有平等受偿的权利。你诉至法院后，若借条真实存在，你胜诉。但之后的执行问题还要具体分析，若该房屋是他的唯一房屋住所，法院不会执行该房屋。