求助解决：合伙承包经营相关问题

A君与甲公司签订承包协议，有偿使用甲公司经营权。并明确在承包期内甲公司所产生的债权债务由A君承担。
随后A君与B君、C君签订合作协议，共同经营甲公司。并明确债权债务分配比例及初始启动资金之出资额。
后甲公司与乙公司签订业务合同，在合同执行中出现状况，发生经济纠纷。

问题一：A君与甲公司的合作及债权债务的确认是否有效？
问题二：A君与B君、C君的合作是否有效？
问题三：若乙公司起诉甲公司，甲公司将承担有限责任。甲公司转而起诉A君，A君承担的是有限责任还是无限责任。A君主张B君、C君与其共同承担责任是本案申诉，还是另案申诉？
问题四：案例中的承包协议、合作协议在签订中需关注的可降低法律风险的细节有哪些？