我的厂房是否需要拆除？

各位律师： 
    大家好！有问题需要向您们请教。希望多多出主意。 
    事情是这样的：我公司2002年在北京某区占地40亩用于开办企业。我们将公司经营的范围告诉了村委会。村委会很欢迎我们单位进驻到该村。并且告诉我们所占的地属于企业用地。现在问题出现了。由于我公司做建筑加工，需要修建厂房在室内开展工作，否则就会出现扰民。现在修建的厂房在封顶时被航拍照啦。政府指出要拆除。当时在进驻该村时，在合同中明确规定土地性质属于企业用地，并且需要各项手续时由村委会来进行审批。现在，政府指出我们所占的地属于基本用地，不属于企业用地。并且村委会在盖厂房时也没有做任何审批。此种情况，我公司该如何处理呢？周一政府就要发放拆除单了。请各位律师多多指教！！在此先感谢各位了。。