征收乡镇企业土地补偿问题

1988年经县人民政府批准乡政府征收9.7亩非耕地土地用于兴办集体企业。2010年乡政府招商引资将该集体企业转让给私人企业兴办工业，同时另外私自与该企业签订土地使用权转让协议增加6亩集体用地给该私人企业，并许诺帮助办理土地使用权证，但迟迟未办理。现在政府要进行土地征收，需要对该私营企业进行补偿，该企业无法出示15.7亩的土地使用权证，只能出示之前的一些转让协议及乡政府的私自协议，关于土地补偿这块，应该如何认定。