对方没开收据，但是在支票存根联签了字，请问这张存根联能作为已支付凭证吗？

前年买机器设备，给对方开了一张支票，没有写抬头，只让他在存根联上签了个字，后续开的支票也是如此。。。现在我们要清帐，他却说我们还欠他钱，原因是有张支票没进帐；经查验，那张他签了字的支票早已进帐。后来去银行申请查原支票进帐信息，银行回执说时间久，总部（好像说是央行）档案库里已查不到了。
现在对方非说我欠他钱，反正就是不承认那张支票的事，准备到法院起诉我。请问，那张他签了字的存根联，能作为已支付凭证吗？还有，法院在没有了解事实情况之前，会不会直接来我厂里封机器？？因为他们说有朋友在法院当官什么的……我怕到时候法院来人了封我机器，影响我生意。