对检察机关错误的不起诉决定该如何应对？

2005年3月某日，单位负责人因与当事人不和闯入当事人办公室对当事人进行殴打，致使当场昏迷，医院诊断为左耳外伤性耳鸣、舌骨骨折、头部颈部软组织挫伤。伤情经温州医学院司法鉴定中心鉴定为轻伤，又经县市公安局鉴定并征求省公安厅省检察院专家意见后确定为轻伤。
县公安局将案件移送县检察院。县检察院委托市检察院泮法医作出不构成轻伤的鉴定结论，将案件退回平阳县公安局。
打人者没有受到惩罚，当事人不接受。后打人者向检察机关举报当事人所谓的受贿情。
2007年7月，县检察院指控当事人受贿3万元，即被拘留、逮捕并以受贿嫌疑提起公诉。当事人认为收取的3万元是业余技术劳动所得，属政策允许，不是受贿。当事人作为技术人员，利用业余时间为企业提供技术服务并收取一定的报酬，完全符合党和国家的政策。与所谓的受贿完全无关。
2008年1月经县人民法院一审判有期徒刑两年缓刑两年。3月17日，市中级人民法院裁定“事实不清、证据不足，撤销原判，发回重审”。
重审时县检察院没有提出有效证据，并于2008年6月以“事实、证据发生变化为由”撤回诉讼,县法院裁定同意其撤诉。
县检察院在撤诉4个月后又以起诉时相同且已被市中级人民法院否定的所谓的事实证据，作出《不起诉决定书》，认定当事人有罪。当事人不服，提起申诉，市检察院又作出维持县检察院的不起诉决定。
当事人一直不服检察机关的伤情鉴定及不起诉决定，不断进行申诉及信访，县委也要求县检察院对案件进行复查，现在市县检察院似乎想把原来的“相对不起诉”更改为“存疑不起诉”，说这样当事人也能得到赔偿。请问检察机关这样操作程序合法吗？
对于伤势鉴定，检察机关认为他们认为不构成轻伤的鉴定没有错，而政法机关不出具再鉴定的介绍信，社会上的鉴定他们不承认。
请对该申诉案件予以指教。