我想问一下我注册公司的时候是找代办公司注册的，资金也是他们公司的

一般没有关系。
根据《中华人民共和国公司法》[1]第一百八十四条、第一百八十五条、第一百八十六条、第一百八十七条、第一百八十八条、第一百八十九条规定，注销公司依法依照如下步骤组织清算后，方能办理注销登记，公告终止公司。
一、依法成立清算组。公司应当在解散事由出现之日起十五日内成立清算组，开始清算。有限责任公司的清算组由股东组成，股份有限公司的清算组由董事或者股东大会确定的人员组成。逾期不成立清算组进行清算的，债权人可以申请人民法院指定有关人员组成清算组进行清算。人民法院应当受理该申请，并及时组织清算组进行清算。
二、公告并通知债权人申报债权，依法对债权进行登记。清算组应当自成立之日起十日内通知债权人，并于六十日内在报纸上公告。债权人应当自接到通知书之日起三十日内，未接到通知书的自公告之日起四十五日内，向清算组申报其债权。债权人申报债权，应当说明债权的有关事项，并提供证明材料。清算组应当对债权进行登记。在申报债权期间，清算组不得对债权人进行清偿。
三、清算组接管公司，展开清算工作。清算组自成立之日起接管公司，了结公司未了业务、清理公司债权和债务、处理公司清偿债务后的剩余财产、清缴所欠税款以及清算过程中产生的税款、代表公司参与民事诉讼活动。
四、清算组全面清理公司财产、编制资产负债表和财产清单。
五、清算组制定清算方案，并报股东会、股东大会或者人民法院确认。其中：清算组在清理公司财产、编制资产负债表和财产清单后，发现公司财产不足清偿债务的，应当依法向人民法院申请宣告破产。公司经人民法院裁定宣告破产后，清算组应当将清算事务移交给人民法院。
六、根据股东会、股东大会或者人民法院确认的清算方案分配公司财产。公司财产在分别支付清算费用、职工的工资、社会保险费用和法定补偿金，缴纳所欠税款，清偿公司债务后的剩余财产，有限责任公司按照股东的出资比例分配，股份有限公司按照股东持有的股份比例分配。清算期间，公司存续，但不得开展与清算无关的经营活动。公司财产在未按前款规定清偿前，不得分配给股东。
七、制作清算报告，报股东会、股东大会或者人民法院确认后，申请注销公司登记，公告公司终止。公司清算结束后，清算组应当制作清算报告，报股东会、股东大会或者人民法院确认，并报送公司登记机关，申请注销公司登记，公告公司终止。