保全财产的质押过户

去年8月请求a公司为我司贷款提供担保，同时与a公司签定了我司持有的本地信用社股份的质押合同，由于当时信用社改制扩股成农商行，无法办理质押登记手续而未办理工商局的登记手续。我司法定代表人去年12月失踪，其他债权人在诉讼时保全了该股权。本年5月法院进行了拍跑（卖结果流拍。今年8月a公司要求我协同办理质押登记手续，结果办理了工商局的质押登记手续，在办理时未向工商局说明法院已在拍卖过程中。我作为公司的主要办事人员，贷款事宜由我操办，并且质押合同也是我起草，法定代表人失踪后公章在我手，我一直作为公司代理人在无偿办理公司事务。现在法院要求我单方面去工商局申请撤销质押登记手续，因为处理法院保全财产属于非法，说如果质押生效，是我串通隐匿财产要承担民事和刑事责任并赔偿其他债权人损失，并威胁说随时可以拘留我。我想，质押合同早先签订，质押也是我司本来真实意思，虽然未登记未生效，但现在质押权人要求协助办理手续是天经地义的事情，生不生效是法院判定的事情，判定给a公司还是所有债权人平均分配也是法院的事情。
鉴于以上情况，拟咨询：我作为代理人，现在这个情况无论该股权归属是谁，我有无民事和刑事责任？我坚持不单方面去工商局申请撤销登记的行为是否正确？