工伤反被认定为交通事故，如何上诉？

当事人从事现场装修，发生工伤被重物砸中头颅。当事人头颅骨折凹陷，随后发生颅内水肿致重度昏迷。工地负责人利用当事人昏迷的机会，向交警报案，谎称当事人是夜间在外散步时被摩托车撞伤。在摩托车主主动顶罪并承担了部分医疗费用的情况下，交警在没有任何现场勘查证据的情况下认定了这起假交通事故。当事人在经过治疗后开始苏醒，在家人的引导下基本可以表述出自己出自己经历的是工地事故而非交通事故。但苦于当事人极度虚弱，口不能开，手不能写，交警依然拒绝否认这起假交通事故。 在目前当事人医疗费用紧张的情况下，其家人迫于无奈同意就交通事故进行赔偿协商。想咨询下律师，如果以后当事人完全可以有能力通过手嘴表述自己意思的情况下，还有机会否认这起交通事故认定而重新认定为工伤吗？是直接去法院起诉，还是去社保局申请工伤认定，或者是去公安局报警申请重新立案？