高校大学生三方协议毁约问题

我是某大专学校2014届毕业生，但是我们学校在大三上期就开始签订三方协议。之前跟外省的一家公司签了，第二天就打电话给那边的负责人说家里临时出了些情况不能去，但是那边说协议已经寄给总公司了，没法拿回来，要拿回就要支付2000违约金，协议上没有违约金一说，只是口头上说了，最后他说要不就不退还我协议书，就此不追究了。
但是学校这边说，必须要拿到那公司的解约函才能给新的协议书，否则就说不能毕业之类的，说毕业实习有一个学分。我现在也找到自己的新工作了，并且可以签订劳动合同，学校那边就是认定了解约函。
这种情况下，我有几个问题：
首先，2000的违约金需要支付不?
其次，是不是三方协议跟毕业证挂钩？
再者，学校这样的做法对不？
最后，公司那边如果执意不给解约函我应该怎么做？