公司列在合同上辞职违约金有必要支付吗

我是搞建筑设计行业的，08年毕业时与公司签订了一分三年的合同，但由于上班路途太远及公司总是强行要求加班，身体吃不消，在今年8月份递交了辞职申请，之后的一个月也很好的完成了交接工作，最后在结算上半年奖金的时候，公司索要违约金五千，领导说这条是公司定制的，我的辞职对公司造成了损失，而且当时我也签了合同，所以必须要付。由于当时对奖金总数结算有疑惑并没有在解约合同及收据上签字，公司领导马上要追究我在交接阶段的旷工费（之前我和领导有谈过可能有几天来不了，考勤卡也不打了，因此这个月没有考勤记录），并且在一周后将盖章的解约合同以挂号信形式寄到我家，我想知道这种情况的违约金有必要付吗？在职期间公司并没有提供培训费用，但是领导认为老员工带领新员工就是对我的一种培训。