地方政府规定和国家法律相悖  该怎么办

事由：
二O一二年初冬，本人在新城区马建伟承包地租地3亩多移植了杏树、山毛桃等树，谁知二O一三年开春被通知宝兰高铁要征占，随后定西市安定区土地管理局人员进行了面积量算、树的量算并进行了签字认可，完成了地上附着物征占用地过程的所有手续，形成了有法律效力的事实依据，此后一年多再没有人答复，二O一四年三月听说补偿费到位了，我去安定区土管局咨询，工作人员才告知我租的地是按8+2政策执行的，也就是8份的征地款，2份的青苗补偿款，我移植的树不可以补偿，原因是凤翔镇以前通知过不可以种树（遗憾的是我不知道）。为此通过仔细阅读《中华人民共和国土地管理法》及其实施条例后提出如下申诉：
第一：土地的出租有合同、交款证明、所租土地的四至证明、签字及有效证件号码等（这是否合法有效）。通过租地我获得了土地的使用权。
第二：《中华人民共和国土地管理法》及其实施条例明确规定：依法登记的土地的所有权和使用权受法律保护，任何单位和个人不得侵犯（第二章第十三条）。以此我认为，法律的权威不能被地方政府的规定所践踏，凤翔镇规定的不准移植树是对耕地使用权的粗暴干涉。是不合法的。对以上事件的理解是否正确，望给予解答.